המיצ"ב כולל:

• שאלוני עמדות לתלמידים, בכיתות ה' עד ט', בנושאי סביבת הלמידה, שימושי מחשב בתהליך הלמידה, באקלים בית-הספר ועוד
• ראיונות טלפוניים עם מורים ומנהלים בנושאי תוכנית הפעילות, דרכי הוראה והערכה, תוכניות ויוזמות, פיתוח צוות, סביבת העבודה בבית-הספר ועוד
• מבחני הישגים בארבעה מקצועות היסוד: לשון-אם (עברית/ערבית), מתמטיקה, מדע וטכנולוגיה ואנגלית. לבתי-הספר הממלכתיים-דתיים נוסף גם מבחן של החמ"ד -- דינים לכיתות ה', גמרא לבנים ומשנה לבנות בכיתות ח'.

לתלמידי כיתות ה' וכיתות ח' הבחינות הן בחינות חובה חיצוניות (חיבור הבחינות על-ידי גוף חיצוני, השגחה חיצונית בעת הבחינה ובדיקה על-ידי בודקים חיצוניים). לתלמידי כיתות ד' ו- ז' הבחינות הן בחינות רשות פנימיות (ההשגחה והבדיקה על-ידי המורים).
בוועדת ההיגוי הוחלט שאין להחיל על התלמידים הנבחנים בבחינות המיצ"ב את ההתאמות הניתנו לתמידים בבחינות הבגרות, משום שגיל התלמידים שונה ומטרת המבחן שונה.
החלטות נוספות החלות על תלמידים לקויי למידה במבחני המיצ"ב:

• תלמידים שהוגדרו כלקויי קריאה ומתקשים ברכישת מיומנויות של פענוח מילים, יקבלו, במבחני המיצ"ב, סיוע בפענוח טקסטים.
• אין הארכת זמן. 90 דקות הן זמן רב לתלמידים צעירים ואי אפשר לדרוש מהם ריכוז למשך זמן ארוך יותר, לא כל שכן מתלמידים לקויי לצידה, המתקשים להתרכז.
• אין שימוש במילון: המבחן בודק ידע לקסיקלי ולכן השימוש אסור הן בבחינה בשפת האם והן בבחינה באנגלית.
• השימוש במחשבון אסור לתלמידי כיתות ד' - ז'. לתלמידי כיתות ח' האיסור חלק רק על החלק הבודק מיומנויות חישוב ולתובנה מספרית.
  הטעם לאיסור - בבחינות המיצ"ב במתמטיקה התלמידים נדרשים לתהליכי חשיבה מתמטית הנדרשות ליכולת ביצע פעולות חשבון בסיסיות, ובכלל זה פעולות חשבון הנדרשות לחיי היום יום.

כדי למנוע הפרעה לתלמידים אחרים, יינתן הסיוע לתלמידים הזקוקים לפענוח טקסטים בכיתה נפרדת: "כיתת הקראה" ובה יהיה משגיח חיצוני ומורה אחד לכל 5 תלמידים.
כיתת ההקראה לא תכלול יותר מ-20 תלמידים.  כיתות ההקראה אינן מיועדות לתלמידים הסובלים מקשי ריכוז, קשב והתנהגות. כך גם האמור לגבי תלמידים שקריאתם איטית והם מתקשים בהפקת משמעות מן הכתוב.
בבחינה באנגלית יהיה תפקיד המורה להקריא לקבוצת התלמידים את המבחן, כל קטע לחוד, כדי שיוכלו להשלים את המטלה לפני הקראת המטלה הבאה.
בבחינה במתמטיקה המורה  יקריא את הטקסט המילולי בלבד (בעיות מילוליות ללא תרגילים, סימני אי-שוויון, משוואות וכו'), ללא הסברים .
בבחינה בשפת אם כאשר מטרת הבחינה היא בדיקת שליטה של התלמידים במשמעות הטקסט הכתוב, הקראה, במקרה זה, תפגע במהות הבחינה, ולכן לא תהיה בבחינה בשפת אם כיתות הקראה. תלמידים לקויי למידה יתמודדו עם פענוח הטקסטים כמיטב יכולתם, באופן עצמאי.
תלמידים הזכאים לשעות שילוב מתי"א עקב קושי ברכישת מיומנויות הקריאה והכתיבה, ייבחנו בכיתת הקראה. אם סיבת הזכאות לשלב שילוב היא אחרת (ריכוז, קשיים רגשיים והתנהגותיים), הם ייבחנו בכיתה רגילה, עם יתר התלמידים.
תלמידים בכיתות מקדמות לא ייבחנו כלל. 
מחברות של תלמידים שכתב ידם בלתי קריא תטופלנה בשלב הבדיקה. אם הבוחן לא יצליח להתמודד עם כתב היד, הוא יייצור קשר עם ביה"ס כדי לקבל סיוע בפענוח כתב היד של התלמיד.

אודות המיצ"ב הפנימי:
החל משנת הלימודים התשס"ז המיצ"ב מועבר בשני אופנים - חיצוני ופנימי – לסירוגין.  בשנת התשס"ז יכלול המיצ"ב הפנימי רק מבחנים בתחומי הדעת, והחל משנת התשס"ח ייכללו במיצ"ב הפנימי גם סקרי אקלים וסביבה פדגוגית.
לפי מתכונת חדשה זו ישתתף כל בית-ספר פעם בשנתיים במיצ"ב חיצוני בשניים מארבעת תחומי הדעת של המיצ"ב ובסקרי "אקלים בית ספרי וסביבה פדגוגית" למנהל, למורים ולתלמידים (מיצ"ב חיצוני). בתחומי הדעת שבית-הספר אינו נבחן בהם באופן חיצוני בשנה נתונה יקיים בית-הספר מבחני מיצ"ב פנימיים (מיצ"ב פנימי). הציונים במיצ"ב הפנימי ישמשו את הנהלת בית הספר ואת צוותו הן לצרכים פדגוגיים והן כמרכיב אפשרי בהערכת התלמיד בסוף השנה. תוצאות המיצ"ב הפנימי תשרתנה את בית-הספר, והוא לא יידרש לדווח עליהן.